Nach einem Clean install macht Windows das von allein.
Wenn du immer wieder neu installiert hast, fängt Windows auch immer wieder von vorne an.
Wenn du dann mehrere Netzlaufwerke hast, die auch voll mit großen Dateien sind, kann das eben sehr lange dauern.
Ob das jetzt der Grund ist, kann ich nicht sagen.
Das merkst du erst wenn der Rechner mal eine Nacht in aller Ruhe "Sein Ding machen Kann".