Zunächst einmal befinden sich beide Ordner auf der Festplatte, nur an unterschiedlichen Orten.
Der Zweck dieser Einrichtung besteht darin, mehrere Benutzer auf einem Computer zu ermöglichen. Jeder Benutzer hat seine eigenen Bilder/Downloads/Desktop-Ordner, damit seine Ordner nicht die von anderen überladen und dein nerviger kleiner Bruder deine Dateien nicht löschen kann.
Die freigegebenen Ordner dienen nur dem Zweck des Austauschs zwischen Benutzern.
Es scheint, als würdest du den Zweck und die Eigenschaften von "Dateien" und "Programmen" verwechseln. Dateien, die du erstellst oder herunterlädst, sind nur einzelne Dateien, die ein Programm benötigen, um verwendet zu werden, egal ob es sich um Bilder, Word-Dateien oder Installationsdateien handelt.
Letztere sind besonders, weil sie sich zu tatsächlichen Programmen entfalten, wenn sie ausgeführt werden. Diese Programme werden entweder in den "Programmdateien"-Ordnern gespeichert, wenn sie für alle Benutzer bestimmt sind, oder, wenn sie nur für den aktuellen Benutzer bestimmt sind, in den persönlichen App-Daten-Ordnern des Benutzers. Manchmal (oftmals) erledigen sie beides, da das Programm gemeinsam genutzt wird, aber jeder Benutzer seine individuellen Einstellungen haben möchte.